En 1233, le pape Grégoire IX crée un tribunal ecclésiastique qui officiera pendant plus de cinq siècles et ternira profondément l'histoire du catholicisme. Cette nouvelle instance portera le nom d'Inquisition et sera active en France, en Espagne et en Italie jusqu'à la dernière condamnation à mort prononcée en 1781. Par les méthodes qu'elle emploie, la délation et la torture, l’Inquisition terrorise les villes et les campagnes en persécutant ceux considérés comme déviants vis à vis des préceptes catholiques. Des cathares, des musulmans, des juifs, des luthériens, mais aussi des hommes et des femmes accusés de sorcellerie seront autant de victimes qui entacheront à jamais une religion monothéiste, celle-ci se réclamant de Dieu pour tuer. Pourquoi la papauté, qui revendique la représentation du christianisme, a-t-elle ordonné un tel déchaînement de haine et comment ces actions ont-elle pu s'inscrire durablement dans le temps ?

Il faut comprendre qu'au XIIIème siècle il existe deux types d'Eglise, l'une qui fuit et pardonne, l'autre qui possède et écorche. C'est à cette dernière que Grégoire IX appartient, en prolongeant notamment la réforme grégorienne qui est animée un idéal de théocratie pontificale. L'Inquisition est en quelque sorte l'aboutissement de cette voie réformatrice dont le but est d'amener le pape à représenter la suprématie spirituelle sur le pouvoir temporel. Cette omnipotence ne peut supporter l'hérésie. Le catharisme, qui apparaît essentiellement en France à la fin du XIème siècle, est visé. Les cathares sont dualistes, n’accordant à Dieu aucune responsabilité quant à la marche du monde. Ainsi, les soubassements d'un pouvoir basés sur la représentation d'une entité qui n'est responsable de rien, est bien plus difficile à légitimer, tout comme le lancement de croisades au nom d'une supposée volonté divine. Le pouvoir papal, se sentant menacé par le discours cathare, décide alors d'instituer un tribunal à caractère spécial, une Sainte Inquisition qui deviendra permanente.

L'Inquisition est alors confiée à l'ordre dominicain, la vocation de leur représentant Dominique étant de prêcher contre l'hérésie. Le pape refuse de s'adresser aux Evêques dont la chasse aux hérétiques est ordinairement de leur ressort, encadrés par des tribunaux. Grégoire IX estime en effet que ces dignitaires cléricaux entretiennent des relations trop proches avec la population de leur diocèse, ce qui les conduit à prononcer des admonestations dont la sévérité est insuffisante aux yeux de la plus haute autorité de l'Eglise. Grégoire IX exige alors le fonctionnement d'un tribunal sans appel, dépendant directement de la papauté, et dont les missions sont remises dans les mains d'un ordre qui n'a à répondre de ses actes que devant le pape. L'Inquisition est ainsi la création d'un système usant de méthodes comparables à celles engagées par les pires régimes totalitaires, comme la délation, l'emploi des confessions à titre de dépositions de justice qui s'apparentent plus à des aveux ou à des témoignages extorqués, ou encore l'usage de la torture autorisée par le plus haut dignitaire de l'Eglise en 1252.

L'Inquisition sévit jusque dans les plus petits villages, les dominicains occupant le terrain sans limite, ni contrôle de quiconque. L'Inquisiteur est omnipotent, en étant à la fois confesseur, enquêteur, juge et procureur. Le tribunal ne fait l'objet d'aucun contre-pouvoir, aucun avocat ne pouvant être appelé. Tout juste est-il accordé un droit de défense au prévenu mais il ne peut l'exercer que seul. L'entreprise inquisitoire, en systématisant la dénonciation, est effroyable car elle brise les consciences et les solidarités : tout le monde se méfie de tout le monde, que ce soit la famille ou le voisinage. Même les morts ne sont pas épargnés, l'Inquisition pouvant reconnaître comme hérétique des défunts. La dépouille des condamnés par contumace est ainsi exhumée pour ensuite être brûlée. Contre les vivants, l'Inquisition requiert à plusieurs types de peine. La plus absolue est la condamnation à mort, et le bûcher se généralise après l'élimination des cathares. Le feu est utilisé car il présage l'enfer auquel est voué le supplicié.

D'autres types de sentences sont également prononcées par le tribunal, comme les pénitences adressées aux repentis, obligeant ceux-ci à réaliser des pèlerinages les contraignant jusqu'à leur dernier jour. La discrimination s'impose également à toux ceux soumis au port d'une croix jaune dans le dos, pour qu'ainsi leur sacrilège soit à jamais marqué sur le corps et qu'ils soient jetés au banc de la société. L'Inquisition ne s'interdit pas non plus d'emprisonner les accusés, pour une durée déterminée en salle commune, ou à perpétuité, enchaînés dans un cachot avec comme seule concession la reconnaissance renouvelée de l'Eglise à leur égard, ce qui leur promettait une place au cimetière une fois morts. Ces sanctions, peines et sentences, étaient exposées au peuple comme une technique de dissuasion à l’égard de toute action ou pensée allant à l'encontre de la religion catholique.

Le catharisme vaincu, l'Inquisition n'en continue pas moins de perdurer. La papauté en effet ne peut pas admettre la véracité de certaines théories scientifiques. Elle s'en prend donc à ses auteurs, comme Giordano Bruno, philosophe et théologien italien du XVIème siècle qui reconnût l'infini et affirma ainsi qu'une quantité innombrable de mondes comme le nôtre existaient. Refusant l'abjuration, il fût brûlé sur la place publique de Rome. L'Espagne n'est pas non plus épargnée par les poursuites inquisitoires qui visent les juifs et les musulmans soupçonnés de ne plus être des chrétiens convertis et de s'adonner de nouveau à leur foi hérétique. Les protestants seront aussi inquiétés par l'Eglise catholique, tout comme bon nombre de femmes accusées d'actes de sorcellerie, dont Jeanne d'Arc brûlée vive suite à une condamnation prononcée par l'Inquisiteur. L'Inquisition suscite également beaucoup d'émules, particulièrement au XVème et XVIème siècle, les pouvoirs publics s'inspirant largement des méthodes et de l'emprise idéologique développée par l'Eglise. Des philosophes sont inquiétés, le puritanisme s'installe, notamment dans l'Amérique coloniale où le procès des sorcières de Salem illustrera la percée inquisitrice dans la communauté civile.

L'Inquisition ne sera jamais abolie, car il s'agit d'une institution qui existe encore aujourd'hui, mais sous un nom différent, soit la Congrégation pour la doctrine de la Foi. Il s'agit en quelque sorte d’une police ecclésiastique, chargée de veiller à l'orthodoxie des publications et de la vie du Clergé. Le cardinal Ratzinger en sera l'un des dirigeants avant de devenir le pape Benoît XVI. Cette congrégation n'a bien-sûr plus les mêmes pouvoirs, ni les mêmes fonctions, que ceux dont disposait le Tribunal spécial imaginé par Grégoire IX. Tout juste s'agit-il de condamnation morale vis à vis de personnes n’appartenant pas à l'Eglise. L'Inquisition a laissé des traces profondes dans toutes les sociétés où elle fût exercée. L'Inquisition reposait sur l'aveu et la pénitence. Cette forme d'autocritique par la force sera reprise par des totalitarismes modernes, comme le stalinisme, ou encore le maccarthysme symbolisé par la chasse aux sorcières.